Els anys 2000-2005
2000 – 2001
Retrospectiva de dibuixos al Museu Rupertinum de Salzburg, Àustria.
Acadèmic numerari de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, Madrid.
Participa en la carpeta Suite Europa del Ministerio de Asuntos Exteriores en commemoració de la Presidència Espanyola de la Comunitat Europea.
2002 – 2004
La Fundación Museo del Grabado Contemporáneo de Marbella presenta i cataloga onze anys de creació gràfica: Obra Gráfica III (1991-2002).
Realitza un sostre-mural per a la nova Sala de Govern de l'Ajuntament de Barcelona titulada Núvol en forma de malla per l'Ajuntament de Barcelona. El Museu d'Art Contemporani de Barcelona, presenta l'exposició retrospectiva Joan Hernández Pijuan. Tornant a un lloc conegut. 1972-2002, exposició que itinera pel Musée d'Art et d'Histoire de Neuchâtel; la Kontnshalle Malmöe, Malmöe i la Galleria d'Arte Moderna de Bolonya.
2004 – 2005
L'Ajuntament de Barcelona li concedeix el Premi Ciutat de Barcelona d'Arts Plàstiques. Participa en la 51 Biennal de Venècia L'Esperienza dell'Arte i Sempre un po'più lontano, Pavelló d'Itàlia.
Premio Nacional de Arte Gráfico en reconeixement d'una trajectòria.
Mor a la seva casa de Barcelona el 28 de diciembre, éssent enterrades les seves cendres en el cementiri de Folquer davant del paisatge que tant va estimar.
